Олигонуклеотидный синтез

1. Олигонуклеотидный синтез

2.

HO
B1
O
O
деблокирование
углевода
B1
O
+
O
O
O
конденсация
B2
P
O
B2
"пришитый'
нуклеозид
O
O
B1
P
кепирование
O
O
O
O
HO
B2
O
O
O
O
-
P
O
B2
O
O
O
B1
деблокирование и
снятие с носителя
O
-
P
O
O
O
O
OH
- защитная группа углдевода
- кепированная группа углевода
- защитная группа основания
- защитная группа фосфора
Схема синтеза олигонуклеотида.
B1
окисление
фосфита
B1
защищенный
димер

3.

O
O
NH
NH
N
DMTrO
O
H3C
H3C
Cl3CCOOH / CH2Cl2
O
N
HO
O
HN
O
N
+
O
O
O
N
DMTrO
O
O
O
O
N
N
H
O
O
CN
P
O
O
CH3
O
H
N
CH3
O
O
H3C
H3C
CH3
CH3
N
N
N
CH3
N
N
N
H
O
CH3CN
H3C
NH
O
H3C
N
O
O
O
O
HN
O
O
N
N
O
H
N
DMTr O
O
O
O
H3C
NH
O
NC
P
O
N
O
O
O
O
O
N
O
O
HN
I2, H2O в THF
NH2
N
N
N
DMTrO
N
DMTrO
O
O
O
H3C
O
O
O
H3C
NH
O
P
NH
O
H3C
CN
P
O
O
O
N
O
HO
N
O
O
O
O
O
O
O
N
OH
O
H
N
CH3
H

4.

HO
O
HN
CH3
H3C
Si
CH3
O
N
2) BzCl
N
NH4OH
N
O
N
N
N
H3C
N
HO
N
HN
1) TMS-Cl
NH2
O
N
N
O
HO
O
N
O
N
Si
H3C
CH3
OH
OH
O
O
N
N
NH
NH
O
O
CH3
N
O
N
NH2
H3C
Si
N
CH3
O
N
O
OH
O
H3C
O
Si
H3C
CH3
N
O
N
CH3
N
NH
CH3
CH3
NH
OH
CH3
1) TMS-Cl
2) iBuCl
NH
HO
NH4OH

5.

O
O
CH3
O
H3C
H3C
NH
NH
DMTr-Cl
HO
N
O
O
O
OH
N
O
OH
O
CH3
O

6.

HO
O
O
O
CH3
HN
HN
NH2
1) TMS-Cl
N
N
N
2) BzCl
N
O
OH
O
3) NH4OH
HO
N
O
O
O
DMTr-Cl
N
O
OH
OH
O
CH3
O

7.

Часто используемые защитные группы для 5'-гидроксильной группы.
.
.
O
O
H3 C
CH3
O
Px
DMTr
Некоторые редко используемые защитные группы для 5'-гидроксильной группы.
.
CH3
H3 C
O
O
O
O
O
O
.
O
Cl
Cl
(CH 2 )6
S
.
S
O
.
CH3
.
.
O
.
CH3
.
.
CH3
O
H3 C
H

8.

O
O
O
HN
N
HN
N
HO
N
N
N
N
N
HO
O
CH3
N
HO
O
NH
N
O
NH
O
CH3
O
OH
OH
OH
N6-бензоилдезоксиаденозин
N2-изобутирилдезоксигуанидин
N4-бензоилдезоксицитидин
NO 2
CN
O
O
N
N
HO
N
O
NH
NH
N
HO
N
O
NH2
N
NH2
OH
OH
O6-нитрофенилэтилдезоксигуанидин
O6-цианоэтилдезоксигуанидин
Защитные группы оснований.

9.

HO
CH3
O
O
N
N
CH3
N
N
N
N
CH3
N
O
HN
NH
CH3
HO
N
O
N
CH3
N
N
N
HO
CH3
N
O
O
OH
OH
N6-диметилформамидин-
N2-диметилформамидин-
дезоксиаденозин
дезоксигуанидин
Альтернативные защитные группы оснований.
OH
4
N -изобутирилдезокси цитидин

10.

N(iPr)2
Cl
P
N
ROH
N
HN
N
N(iPr)2
B*
DMTrO
O
Cl
DMTrO
B*
O
Cl
P
ROH
NEt 3
O
N(iPr)2
CH3
P
OH
N(iPr)2
RO
RO
N
CH3
P
N(iPr)2
R= alkyl, aryl
Методы синтеза фосфорамидитов.
H3C
CH3

11.

O
O
P
O
Aq. TEAB
Cl
N
N
N
DMTrO
P
B*
O
O
N
N
N
N
B*
DMTrO
N
Aq. TEAB
N
O
CH3
OH
H3C
O
-
CH3
O
P
P
O
H3C
O
CH3
CH3
O
Aq. TEAB
Методы синтеза Н-фосфонатов.
H

12.

RO
P
OMe
OR
a) S/ Py
b) фенилацетилдисульфид
d) R'X
c) BuNH2, I2
RO
MeO
P
OR
RO
RO
S
HNBu
P
R'
O
OR
P
O
OR
R' = Me
X=I
R' = DMTr X = Cl
Получение аналогов природных фосфатов.

13.

R
R
B*
O
O
O
O
O
O
B*
O
P
O
H
B*
O
P
O
P
R
B*
O
O
NH2R/ CCl4/ Py
O
O
O
NH
O
H
B*
O
P
O
O
O
R1
R
B*
O
O
R1
NH