Введение в NGS HLA-типирование

1.

Введение в NGS HLA-типирование
Рудик Дмитрий Владимирович

2.

NGS (New-Generation sequencing) – технология
секвенирования нового поколения
Секвенирование – установление первичной
последовательности ДНК/РНК путем определения
последовательности нуклеотидов в
полинуклеотидной цепи
Производительность секвенирования NGS в 100-1000
раз превосходит производительность секвенирования
по Сэнгеру

3.

Этапы NGS HLA-типирования
Методология NGS включает этапы:
• Выделение ДНК
• Локус-специфическая амплификация
• Приготовление библиотек
• NGS-секвенирование

4.

Обзор технологии NGS
• Приготовление библиотек
- наработка ДНК-матрицы
- фрагментация ДНК
- лигирование адаптеров
- отбор целевых фрагментов ДНК с лигированными
адаптерами на концах фрагментов
- индексирование
• Клональная амплификация
• Секвенирование
• Анализ данных

5.

6.

7.

8.

Продукты компании GenDx
для NGS HLA-типирования
• Наборы для HLA-типирования NGSgo
• Программное обеспечение NGSengine

9.

10.

11.

Стратегия амплификации

12.

13.

14.

15.

16.

17.

18.

19.

20.

21.

22.

23.

24.

25.

26.

27.

28.

29.

Загрузка картриджа MiSeq для
полокусного формата

30.

Загрузка картриджа MiSeq для
мультиплексного формата

31.

Программное обеспечение NGSengine

32.

33.

34.

35.

Спасибо за внимание!
ЗАО «БИОХИММАК»
Москва, Ленинские горы, МГУ, д. 1 стр. 11
Телефон: +7 (495) 647-27-40
E-mail: [email protected]
www.biochemmack.ru