0feb1158eb25ff00a45c973c95f25d9b

1. Поиск терапевтических мишеней в гематологии на основе WGS

Полногеномное секвенирование (WGS) выявляет
генетические изменения, потенциально связанные с
патогенезом гематологических заболеваний
1
SNV и короткие вставки/делеции (indels)
2
Вариации числа копий генов (CNV)
3
Структурные перестройки: транслокации и
инверсии
4
Варианты в кодирующих
последовательностях и регуляторных
областях
Цель: отобрать значимые мишени, оценить подходы к их
модуляции и составить план доклинической проверки

2. Алгоритм анализа геномных данных и выбора мишеней

Этап
Аналитическая задача
1. Контроль качества
Покрытие, глубина чтения, доля участков с недостаточным покрытием
2. Поиск вариантов
SNV/indel, CNV, структурные варианты
3. Фильтрация
Частота в популяционных базах, качество варианта, функциональные последствия
4. Интерпретация
Связь генотипа с фенотипом и известными механизмами патогенеза
5. Валидация
Подтверждение выбранных находок независимым методом
6. Трансляционная оценка
Доступность мишени, биомаркеры, потенциальная терапевтическая стратегия
Критические ограничения: вариант неопределённого значения (VUS) не равнозначен патогенному; частота аллеля сама по себе
не устанавливает наследственный или соматический характер изменения.
2

3. Терапевтическая ось MYC–GSPT1: молекулярное обоснование

MYC — 8q24.21
GSPT1 — 16p13.13
• Кодирует транскрипционный фактор c-Myc,
взаимодействующий с MAX.
• Кодирует фактор eRF3a, участвующий в терминации
трансляции.
• Комплекс MYC–MAX связывается с E-boxпоследовательностями ДНК и регулирует гены
клеточного цикла, метаболизма и биогенеза
рибосом.
• Взаимодействует с комплексом распознавания стопкодона и обеспечивает завершение синтеза
полипептида.
• Онкогенная активация возможна при амплификации
или хромосомных перестройках.
• Деградация GSPT1 может нарушать клеточный
гомеостаз и запускать стрессовые реакции.
Общая гипотеза: MYC и GSPT1 связаны функциональной петлёй прямой и обратной регуляции, поэтому одновременное
воздействие на обе мишени потенциально нарушает и транскрипционную программу, и трансляционное обеспечение
опухолевого роста.
3

4. Фармакологические подходы к оси MYC–GSPT1

Препарат
Мишень и механизм
Уровень доказательности
OMO-103
Минибелок, нарушающий взаимодействие MYC–MAX и
подавляющий MYC-зависимую транскрипцию
Ранние клинические исследования; эффективность при
гематологических опухолях не установлена
CC-90009
Молекулярный клей, рекрутирующий комплекс CRBN E3лигазы и вызывающий убиквитинирование и протеасомную
деградацию GSPT1
Исследовался в клинических испытаниях при
рецидивирующем/рефрактерном ОМЛ
MRT-2359
Молекулярный клей — деградатор GSPT1
Исследование фазы I/II; набор пациентов закрыт
GT19630
Двойной деградатор MYC и GSPT1
Доклинические данные при лейкозах и лимфомах;
клиническая эффективность у людей не установлена
Ключевой вывод: GT19630 непосредственно реализует концепцию двойного воздействия; OMO-103, CC-90009 и MRT-2359
иллюстрируют отдельные подходы к MYC или GSPT1.
4

5. F7 и F11: генетические и функциональные особенности

Параметр
F7
F11
Локус
13q34
4q35.2
Белковый продукт
Фактор VII
Фактор XI
Функция
Комплекс тканевого фактора и FVIIa активирует
FIX и FX
FXIa активирует FIX и усиливает генерацию тромбина
Нарушение функции
Дефицит фактора VII, наследственная
коагулопатия
Дефицит фактора XI, гемофилия C
Клиническое проявление
Кровоточивость различной степени тяжести
Преимущественно вариабельная кровоточивость,
особенно при отдельных вмешательствах
Принципиальное различие терапевтических задач
F7
Восстановление недостаточной активности фактора
VII.
F11
Восстановление гемостаза при дефиците либо
ингибирование FXI/FXIa для снижения риска
тромбообразования — в зависимости от показания.
5

6. Терапевтические подходы и биомаркеры для F7/F11

F7 — восполнение функции
• Эптаког альфа активированный (NovoSeven):
рекомбинантный активированный фактор VII,
применяемый при определённых нарушениях
гемостаза и кровотечениях.
• Потенциальное направление: восстановление
экспрессии или секреции функционального FVII
при подтверждённом причинном варианте.
• Ключевые показатели: активность FVII (FVII:C),
антиген FVII, генерация FXa, клинический
геморрагический фенотип.
F11 — ингибирование активности
• Асундексиан и милвексиан: исследуемые
ингибиторы FXIa/FXI, предназначенные для
снижения тромботического риска.
• Результаты зависят от препарата и клинического
показания; универсальная эффективность класса
не доказана.
• Ключевые показатели: активность FXI/FXIa,
генерация тромбина, частота ишемических
событий и крупных кровотечений.
6

7. План доклинической проверки терапевтических гипотез

Программа
Модели
Основные конечные точки
MYC–GSPT1
Клеточные модели MYC-зависимых лейкозов и
лимфом; первичные опухолевые образцы; при
подтверждении эффекта — модели in vivo
Деградация MYC/GSPT1, пролиферация, апоптоз,
стрессовый ответ, метаболические изменения,
токсичность для нормальных гемопоэтических клеток
F7
Клеточные модели печени или органоиды с
подтверждёнными вариантами F7
Экспрессия и секреция FVII, FVII:C, функциональная
активность коагуляции
F11
Раздельные модели дефицита F11 и
фармакологического ингибирования FXI/FXIa
Генерация тромбина, восстановление гемостаза либо
снижение тромботической активности, оценка риска
кровотечений
Контроли для MYC–GSPT1
Критерий перехода
• контроль растворителя;
Воспроизводимый эффект, зависимость от
механизма действия и приемлемое
терапевтическое окно.
• воздействие на каждую мишень отдельно;
• двойное воздействие;
• нормальные гемопоэтические клетки для оценки селективности.
7

8. Панель: архитектура и модули 1–4

Прототип закрывает требование кейса: сравнить программы по реализуемости, доступности технологий, срокам и ценности.
1
Карта пробелов (Gap Map)
2
Генетический паспорт (RUSeq/ФМБА)
• Интерактивная база: мишень → препарат в РФ/мире →
пробел
• Анализ 122/217 гематологических генов, сравнение с
gnomAD, ClinVar/OMIM
• Источники: ГРЛС, Drugs@FDA, EMA, ClinicalTrials.gov
• Выход: таблица частот + интерактивный фильтр
• F11: asundexian и milvexian — в клинике за рубежом, в РФ
ингибиторов FXIa нет — пробел
• F7: данные Pshenichnikova et al. (2023) — первый российский
срез
3
Дерево решений (выбор модальности)
• Вход: ген, тип мутации, локализация белка, нужный эффект
4
Светофор рисков
Научный — доказанность механизма
• Выход: ингибитор / деградер / антитело / генная терапия /
мРНК / siRNA
Технологический — реализуемость препарата
• F11: миссенс, снижение → siRNA/ASO; нонсенс, дефицит →
AAV, мРНК
Этический — необратимость, off-target, долгосрочные
эффекты
Модуль 5 (доп.): Дизайнер миРНК — на следующем слайде
15

9. Дополнительный модуль: Дизайнер миРНК

Автоматизирует начальный этап дизайна siRNA для генов, где генная терапия или антитела неприменимы: TMPRSS6 (MCVассоциированная анемия), JAK2 (МПЗ), F11 (тромбозы).
Вход
• Ген-мишень
• Последовательность мРНК
(RefSeq)
• Требуемый эффект (knockdown)
• Ткань-мишень
• Ограничение: нет off-target в
гематологических генах
Функции
Выход
• Подбор: 21-нт дуплексы, GC-состав, асимметрия,
19-й нуклеотид
• Ranked-список siRNA (топ-10)
с оценкой эффективности и
специфичности
• Off-target: BLAST/специфичность по 122/217
генам панели GTR
• Отчёт по off-target
• Стабильность: модификации 2′-OMe, 2′-F, PSсвязи
• Рекомендации по
модификациям
• Эффективность: ΔG, доступность сайта,
консервативность
• Экспорт в PDF/CSV для
лаборатории
• Ранжирование с обоснованием для каждого
Зачем в панели
Ограничения
• Закрывает пробел, где генная терапия не подходит
• Только in silico; эффективность предсказывается вероятностно
• Связывает Дерево решений (модуль 3) с дизайном молекулы
• Off-target — только по гематологическим генам
• Расширяется на любой ген панели GTR
• Не заменяет эксперимент: приоритизирует кандидатов
16

10. Приоритизация мишеней и ограничения исследования

15
Предварительная интерпретация
максимум баллов: пять
критериев по 1–3 балла
1.
Биологическая обоснованность мишени
2.
Фармакологическая доступность
3.
Уровень экспериментальных и
клинических доказательств
4.
Потенциальное терапевтическое окно
5.
Возможность отбора пациентов по
биомаркерам
MYC–GSPT1
Высокая исследовательская привлекательность: общая
механистическая гипотеза и доклинические данные для
GT19630; клиническая эффективность двойного подхода не
установлена.
F7
Понятная физиологическая функция и существующий подход
к восполнению фактора; ограничения — клиническая
вариабельность и риск тромбозов при терапии.
F11
Перспективность зависит от показания и направления
воздействия; нужно балансировать тромботический риск и
риск кровотечений.
Ограничение: предварительная экспертная оценка, а не валидированный клинический скоринг.
8