2024_маг5

1.

2.

ROOTED
UNROOTED
B
A
C
A
B
A
C
D
B
D
A
A
C
B
C
B
C
B
A
A
A
A
B
C
B
C
B
C
D
D
D
A
D
C
C
C
A
...
B
... 15 укоренённых деревьев
B
D
...

3.

Метод
максимальной
экономии,
maximal
parsimony, MP
Выбирается дерево
с минимальной
длиной

4.

Максимальная парсимония
Методы поиска наиболее экономных кладограмм (с
наименьшей длиной)
Точные
(«all trees», «branch-and-bound»)
Эвристические

5.

1
1
0
Parsimony-informative
characters
0
1
Parsimony-uninformative
character
0

6.

Консенсусные деревья

7.

8.

outgroup=…
alltrees
bandb
hsearch
contree/ majrule save treefile=xxx.tree;
gettrees file=xxx.tree;
contree/majrule
contree/tcompress=yes treefile=ccc.tree;
gettrees file=ccc.tree;
delete ‘номер таксона’
exclude ‘номер признака’
reweight