66.00M
Categories: internetinternet biologybiology

Большие данные о разнообразии растений России в открытом доступе

1.

Большие данные о
разнообразии растений России
в открытом доступе
Уфа, 21.09.2023

2.

Большие данные
в современной науке

3.

4.

5.

6.

7.

19.09.2023

8.

9.

Большие данные
о биоразнообразии

10.

Журнал «Science» (2000)
10

11.

8.02.2022
29.08.2019
19.09.2023

12.

2.10.2022

13.

19.09.2023

14.

19.09.2023

15.

19.09.2023

16.

Все группы
19.09.2023

17.

Все группы
19.09.2023

18.

Все группы: 25-е место
19.09.2023

19.

Сосудистые растения
19.09.2023

20.

Сосудистые растения: 15-е место
19.09.2023

21.

2.10.2022

22.

Может, дело в новых технологиях?

23.

Может, дело в новых технологиях?
GPS-трекеры на крупных
перелетных птицах

24.

Может, дело в новых технологиях?
GPS-трекеры на откармливающихся
по полгода пингвинах
24

25.

Нет, дело в людях!
И эволюции смартфонов
2008
Камера
2МП
ОЗУ
128 МБ
Память
16 ГБ
Аккумулятор 1150 мА*ч
2023
Камера
48МП
ОЗУ
8 ГБ
Память
1024 ГБ
Аккумулятор 4422 мА*ч

26.

«Наблюдение» как основа
современных данных
о биоразнообразии

27.

2.10.2022

28.

Все группы
19.09.2023

29.

2.10.2022

30.

31.

2.10.2022

32.

2.10.2022

33.

16.09.2021

34.

2.10.2022

35.

2.10.2022

36.

2.10.2022

37.

2.10.2022

38.

Сосудистые растения
19.09.2023

39.

21.02.2023

40.

21.02.2023

41.

2.10.2022

42.

43.

2.10.2022

44.

2.10.2022

45.

2.10.2022

46.

2.10.2022

47.

2.10.2022

48.

2.10.2022

49.

2.10.2022

50.

Россия в GBIF
Данные о флоре и фауне страны в GBIF

51.

16.09.2021
19.09.2023

52.

Все группы: Россия
19.09.2023

53.

Источники (электронных) данных
• Гербарные коллекции
• Литература
• Наблюдения

54.

Сосудистые растения: Россия
19.09.2023

55.

19.09.2023

56.

19.09.2023

57.

19.09.2023

58.

59.

19.09.2023

60.

19.09.2023

61.

Ключевые особенности России на iNaturalist
• Преобладают наблюдения сосудистых растений
Россия: 57,4%
Мир: 39,4%
• Преобладают наблюдения со свободными лицензиями (CC0, CC-BY, CC-BY-NC)
Россия: 88,3%
Мир: 66,5%
• Преобладают верифицированные наблюдения
Россия: 80,0%
Мир: 61,7%
• Очень высокий показатель «наблюдений на человека»
Россия: 144,8 шт.
Мир: 49,3 шт.
• Доля данных в GBIF
Россия: 71,1%
Мир: 44,0%
6.12.2022

62.

14.07.2023

63.

Первые 1500 наблюдений каждого лета
по флоре России
21.05.2023

64.

Компьютерное зрение iNaturalist: виды
21.05.2023

65.

Компьютерное зрение iNaturalist:
наблюдения
21.05.2023

66.

2.10.2022

67.

2015
В Гербарии МГУ мы начали полное сканирование
коллекции по проекту «Ноев ковчег» (грант РНФ)

68.

MW
MW

69.

70.

71.

Самые большие гербарии России
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
Организация
Санкт-Петербург, БИН РАН
Москва, МГУ
Санкт-Петербург, СПбГУ
Новосибирск, ЦСБС РАН
Москва, ГБС РАН
Владивосток, ФИЦБ РАН
Томск, ТГУ
Сыктывкар, ИБ КНЦ РАН
Санкт-Петербург, ВИР
Ростов-на-Дону, ЮФУ
Thiers (2022) The World’s Herbaria 2021
Акроним
LE
MW
LECB
NS + NSK
MHA
VLA
TK
SYKO
WIR
RV
Фонды
6 000 000
1 085 561
800 000
740 000
610 000
500 000
500 000
407 000
376 825
350 000

72.

MW
Сколько образцов оцифровано?
Россия:
• 16,4 млн образцов
• 1,6 млн оцифровано (отсканировано)
• 9,5% доля оцифрованных коллекций
MW
Мир:
• 397,6 млн образцов
• около 86,8 млн оцифровано и доступно в GBIF
• 21,8% оцифрованных коллекций
Источники: Thiers (2021), Index Herbariorum и др.
Original counts and estimates

73.

Ведущие цифровые гербарии России
Организация
Код
Сканов
Доля
Сайт
1
Москва, МГУ
MW
1 015 242
94%
https://plant.depo.msu.ru/
https://www.gbif.org/
2
3
Санкт-Петербург, БИН РАН
Москва, ГБС РАН
LE
MHA
141 253
106 627
2%
17%
http://herbariumle.ru/
https://plant.depo.msu.ru/
https://www.gbif.org/
4
Новосибирск, ЦСБС СО РАН
NS+NSK
80 232
11%
http://84.237.85.99:8081/
https://www.gbif.org/
5
6
Владивосток, БСИ ДВО РАН
Иркутск, ИГУ
VBGI
IRKU
46 022
42 154
35%
32%
http://botsad.ru/herbarium/
https://plant.depo.msu.ru/
https://www.gbif.org/
7
Барнаул, АГУ
ALTB
39 905
13%
http://altb.asu.ru/
https://www.gbif.org/
8
9
Екатеринбург, РАН
Кемерово, КузБС РАН
SVER
KUZ
38 873
19 014
30%
34%
https://herbarium.ipae.uran.ru/
https://plant.depo.msu.ru/
https://www.gbif.org/
10 Воронеж, ВГУ
11 Благовещенск, БСИ ДВО РАН
12 Тула, ТулГПУ
VOR
ABGI
TUL
15 456
9 802
9 000
14%
43%
86%
http://herbarium.bio.vsu.ru/
http://botsad.ru/herbarium/
https://plant.depo.msu.ru/
https://www.gbif.org/
Нет в доступе:
IRK – 15 000
(8%)
31.10.2022

74.

Сотни региональных флор, определителей

75.

Пять основных «Флор»
LE
Район 1
1974-2004
LE
Район 2
2003-[2024?]
NS, NSK
Районы 3,4
1988-2003
VLA
Район 5
1985-2006
TASH
Район 6
1968-1993

76.

Чеклисты С.К. Черепанова (БИН АН СССР)
1973
1981
4 745 новых видов и
подвидов, дополняющих
«Флору СССР»
Чеклист №1:
22 238 таксонов
21 463 видов
330 подвидов
445 гибридов
1995
1995
Чеклист №2: 23 397 таксона (два издания: англ., рус.)
21 770 видов, 500 подвидов, 594 гибридов,
533 наиболее обычных культурных вида

77.

Черепанов (1995)

78.

Некоторые из «Флор» имеют карты

79.

Библиотека «Флора и фауна»
• Библиотека
отсканированных
монографий по ботанике и
зоологии
• 16 437 томов
• Основана А.Б. Шипуновым
• Адрес:
http://herba.msu.ru/shipunov
/school/sch-ru.htm

80.

81.

82.

16.09.2021

83.

84.

2.10.2022

85.

86.

8.02.2022

87.

16.09.2021

88.

Сеточное картирование флоры Владимирской области
Frangula alnus
Серегин, 2012
Серегин, 2014

89.

19.09.2023

90.

19.09.2023

91.

Гербарные коллекции: проблемы
• Низкая доля оцифровки
• Длительный и затратный процесс
• Сокращение квалифицированных кадров
• Громоздкий процессинг данных
• Сокращение числа обращений к самой коллекции

92.

Данные литературы: проблемы
• Низкая доля оцифровки
• Длительный и затратный процесс
• Отсутствие референсных образцов («только название»)
• Большое число обобщающих работ без первичных данных

93.

Данные наблюдений: проблемы
• Высокая доля непрофессиональных исследователей
• Данных очень много
• Разное качество фотографий
• Различные диспропорции в данных

94.

Проект «Флора России»
на iNaturalist
Цифровой гербарий МГУ

95.

19.09.2023

96.

Большие данные – большие
ошибки
Но их проще искать

97.

98.

99.

100.

101.

102.

Trifolium retusum

103.

104.

105.

106.

107.

108.

109.

2.10.2022
English     Русский Rules