Генетическая структура популяции
G/G
G/G
G/G
Вопрос 1: Насколько наши оценки близки к частотам в генеральной совокупности?
SD, SE & CI для частоты
95%-CI частот (n небольшое)
Вопрос 2: Как соотносятся между собой частоты аллелей и генотипов?
Равновесие Харди-Вайнберга
Равновесие Харди-Вайнберга
Задачка
Задачка
Большая популяция
Неперекрывающиеся поколения
Одинаковые частоты у обоих полов
Частоты аллелей не меняются со временем
Ассортативное скрещивание
Множественный аллелизм
Сцепление с полом
Сцепление с полом
Сцепление с полом
Несколько локусов
Несколько локусов
Вопрос 3: Что это все значит?
Вопрос 3: Что это все значит? Какие выводы можно делать из частот аллелей и генотипов?
Вопрос 3.1: Каково генетическое разнообразие популяции?
MAF
Генное разнообразие Nei
"Поправка для диплоидных локусов"
"Поправка для гаплоидных локусов"
Нуклеотидное разнообразие
Вопрос 3.2: Выполняется ли равновесие ХВ?
Вопрос 3.3: Случайны ли скрещивания в популяции?
Инбридинг
Эффект Валунда
F-статистика Райта
F-статистика Райта
Другое определение FST
Аналог FST
Вопрос 3.3: Насколько различаются популяции между собой?
Ген. дистанции между популяциями
Анализ главных компонент
Анализ главных компонент
Кластерный анализ
Кластерный анализ
Кластерный анализ
Вопрос 3.4: Действует ли естественный отбор?
Пример с куру
1.84M
Category: biologybiology

Генетическая структура популяции

1. Генетическая структура популяции

Описание генетической
структуры популяции

2.

3. G/G

G/G
G/A
G/A
G/G
A/A
G/G
G/A
G/G
G/G

4. G/G

G/G
G/A
G/A
G/G
A/A
G/G
G/A
G/G
G/G

5.

Генотип
G/G
G/A
A/A
Число
образцов
6
3
1
Частота
6/10 = 60%
3/10 = 30%
1/10 = 10%

6.

Генотип
G/G
G/A
A/A
Число
образцов
6
3
1
Частота
6/10 = 60%
3/10 = 30%
1/10 = 10%
Аллель
Число аллелей
Частота
G
A
6*2+3 =15
1*2+3 = 5
15/20 = 75%
5/20 = 25%

7. G/G

A/A
G/A
A
G/G
G

8. Вопрос 1: Насколько наши оценки близки к частотам в генеральной совокупности?

9. SD, SE & CI для частоты

SD, SE & CI для частоты
p – частота аллеля А1,
n – размер выборки (аллелей)
SD =
English     Русский Rules