Реакция с участием фермента
Рентгеноструктурный анализ и реконструкция пространственной модели фермента
Функциональные центры ферментов
Активный центр
Взаимодействие фермента с субстратом
Модель «ключ – замок»
Специфическое связывание субстрата
Активный центр химотрипсина
Участки активного центра:
Функциональные группы, играющие важную роль в связывании субстрата и катализе
Формы активного центра
Фермент-субстратные взаимодействия
Регуляторные центры ферментов
Аллостерический центр
Аллостерические модуляторы
Ковалентная модификация
Центр белок-белкового взаимодейсвия
Контактные площадки.
Механизм действия ферментов
Ферменты – наиболее эффективные катализаторы
Каталитическая активность ферментов
Каталитическая активность ферментов
Модель Э. Фишера «ключ – замок»
Теория индуцированного соответствия Кошланда
Абсолютная специфичность
Относительная специфичность
Стереоспецифичность
Зависимость активности ферментов от температуры
Зависимость активности ферментов от pH среды
Зависимость активности ферментов от pH среды
Зависимость скорости ферментативной реакции от концентрации субстрата
Уравнение Михаэлиса-Ментен
Зависимость скорости ферментативной реакции от концентрации субстрата
Механизмы действия активаторов
Ингибирование ферментов
Необратимое ингибирование
Конкурентное ингибирование
Конкурентное ингибирование
Неконкурентное ингибирование
Регуляция активности ферментов в клетках
Активация проферментов путем протеолитического гидролиза
Медицинская энзимология
9.44M
Category: biologybiology

Общие свойства ферментов и катализаторов небиологической природы

1.

Общие свойства ферментов и катализаторов
небиологической природы
1. ферменты катализируют только термодинамически
возможные реакции;
2. Ферменты не расходуются в ходе реакции;
3. Ферменты не смещают положения равновесия
катализируемой реакции;
4. Ферменты работают по механизму гетерогенного
катализа.

2.

Специфические свойства ферментов
1. Ферменты-белки и рибозимы работают в мягких условиях
(Т = 40–50 С; нейтральный pH, атмосферное давление и др.)
2. Очень высокая эффективность действия;
3. Специфичность действия ферментов к типу катализируемой
реакции и к структуре реагирующих соединений;
4. Регулируемость каталитической активности ферментов;
5. Отсутствие побочных продуктов реакции.
Комплекс топоизомеразы с ДНК

3.

Номенклатура и классификация ферментов

4.

Номенклатура ферментов
Систематическая
Тривиальная
Рациональная
Исторически
сложившиеся
названия
ферментов
(пепсин, трипсин)
Названия ферментов
строятся исходя из
названия субстрата и
характера
катализируемой реакции + аза
COOH
CH2
CH2
Субстрат: субстрат –
характер реакции +
аза
COOH
+
ФАД
COOH
CH
CH
+
ФАДН2
COOH
Янтарная кислота
сукцинатдегидрогеназа
Сукцинат: ФАД оксидоредуктаза

5.

Международная классификация ферментов
по типу катализируемой реакции
I. Оксидоредуктазы
II. Трансферазы
III.Гидролазы
IV. Лиазы
V. Изомеразы
VI. Лигазы
Ared Box Aox Bred
A- B C A B -C
A - B H 2 O A - H B - OH
A B A- B
A изо - A
A B XTP A - B XDP
X A,G,U,C

6.

Международная классификация ферментов
2.6.1.1 – L-аспартат: 2-оксоглутарат - аминотрансфераза
Класс
Подкласс
Подподкласс
Индивидуальный номер
Пространственная
модель фермента

7.

Международная классификация ферментов
1.1.1.27 – Лактатдегидрогеназа (ЛДГ)
Реакция:
Пространственная
модель фермента

8.

Химическая природа ферментов
Ферменты - белки
Ферменты – рибонуклеиновые
кислоты (рибозимы)
Структура
рибозима
Фермент, встроенный в липидный
бислой (АТФ-синтаза)
Функции: расщепление и сшивание
молекул РНК

9.

Ферменты
Простые
Сложные
Белковые вещества
Кофактор
(ацетил-КоА)
Ацетилтрансфераза

10.

Кофакторы ферментов
1. Кофакторы алифатического ряда
Долихолфосфат
Глутатион
Липоевая кислота

11.

Кофакторы ферментов
2. Кофакторы ароматического ряда
Коэнзим Q

12.

Кофакторы ферментов
3. Кофакторы гетероциклического ряда
3.1. Кофакторы – производные витаминов
• Тетрагидрофолат (В9)
• Тиаминпирофосфат (В1)
• Биоцитин (В7)
• Фосфопиридоксаль (В6)
3.2. Кофакторы, не являющиеся производными витаминов
Геминовые кофакторы
Гем

13.

Кофакторы ферментов
4. Кофакторы – нуклеотиды
4.1. Кофакторы – нуклеотиды, в состав которых входят
витамины:
ФМН (В2), ФАД (В2), НАД (PP), НАДФ (PP), КоА (В3),
кобамидные кофакторы (В12)
4.2. Кофакторы – нуклеотиды, не содержащие витаминов:
АТФ, ГТФ, УТФ, ЦТФ, ФАФС
АТФ
2
2
2
5. Кофакторы – ионы металлов Mg ,Ca , Fe ,Cu

14.

Кофакторы ферментов
Коферменты
А-Х
Ко
Е1
А
Простетические группы
В-Х
А-Х
Ко
В-Х
А
Ко-Х
В
Е2
Ко-Х
В
Кофермент слабо связан
с апоферментом
фермент
Простетическая группа прочно
связана с апоферментом ковалентной связью
НАД+, АТФ, ТГФК и др.
биоцитин, липоевая кислота,
фосфопиридоксаль и др.

15.

Проферменты
Протромбиназа
(тромбин)
Ограниченный
протеолиз
протромбин
S
S
Активный центр тромбина
(зеленый)
F1.2
+
A
B
S
S

16.

Изоферменты
- ферменты, катализирующие одни и те же химические реакции, но
различающиеся генетически детерминированной структурой.
Лактатдегидрогеназа
ЛДГ1 НННН
ЛДГ3 ННММ
ЛДГ 2 НННМ
ЛДГ4 НМММ
ЛДГ5 ММММ
Креатинкиназа
ВВ форма КК
МВ форма КК
ММ форма КК

17. Реакция с участием фермента

E S E S E P E P
E – фермент
S – субстрат
P – продукт реакции
ES и EP – нестабильные комплексы фермента с
субстратом и с продуктом реакции.

18. Рентгеноструктурный анализ и реконструкция пространственной модели фермента

Рентгеновский дифрактометр
Пространственная модель
лактатдегидрогеназы

19. Функциональные центры ферментов

1. Активный центр
субстратный центр
каталитический центр
2. Регуляторные центры
аллостерический центр
центр ковалентной модификации
центр белок-белкового взаимодействия
3. Контактные площадки

20. Активный центр

Активный
участок
Сер195
центр
поверхности
фермента,
ответствен-
ный
связывание
за
субстрата
Субстрат
дальнейшие
щения.
Гис57
Активный центр химотрипсина
связанным субстратом.
со

и
его
превра-

21. Взаимодействие фермента с субстратом

1.
Специфическое связывание субстрата
2.
Осуществление химической реакции
3.
Высвобождение продуктов реакции

22. Модель «ключ – замок»

Фермент – субстратный
комплекс
Фермент + субстрат
Пространственная структура субстрата точно соответствует
пространственной структуре активного центра фермента, как
ключ соответствует замку.

23. Специфическое связывание субстрата

Фермент пируваткиназа
переносит
группу
субстрата
фосфатную
с
молекулы
фосфоэнол-
пирувата на АДФ, а не
присоединяет
к
ней
неорганический фосфат

24. Активный центр химотрипсина

site
А/к остатки в
активном центре
химотрипсина:
• Гис57
• Гис40
• Сер195
• Асп102
Активный центр формируется аминокислотными остатками,
определенным образом ориентированными в пространстве
относительно друг друга.

25. Участки активного центра:

1. Субстратный центр – связывание субстрата-лиганда
(темно-голубой)
2. Каталитический центр (розовый) – катализ химических
превращений субстрата (желтый).

26. Функциональные группы, играющие важную роль в связывании субстрата и катализе

1. Функциональные группы аминокислотных остатков:
a) гидроксильная b) тиоловая c) карбоксильная d) аминогруппа
группа
группа
группа
Сер – OH
Тир – OH
Тре – OH
Cys – SH
Глу – COOH Лиз – NH2
Асп – COOH Арг – NH2
2. Группировки остова полипептидной цепи:
– CO
и
– NH –

27. Формы активного центра

Карман
щель

28. Фермент-субстратные взаимодействия

Фермент
(сахараза)
Субстрат
(сахароза)
Активный центр
Фруктоза
Глюкоза
Продукты
высвобождаются
Свободные
фермент и
субстрат
Ферментсубстратный
комплекс
Субстрат
превращается
в продукты
Субстрат связывается
с ферментом

29.

Лактатдегидрогеназа
Пальмитоилсинтетаза
состоит из 4 субъединиц,
каждая из которых имеет
одинаковый активный центр.
Имеет
несколько
различных
активных центров в составе
одной
полипептидной
цепи
(полифункциональный фермент).

30. Регуляторные центры ферментов

Аллостерический
центр
Центр ковалентной
модификации
Центр белок-белкового
взаимодействия
Регуляторные центры ответственны
каталитической активности фермента
за
изменения

31. Аллостерический центр

Аллостерический
центр
связывает
низкомолекулярный лиганд, который
изменяет конформацию и
тем самым регулирует
активность фермента.
Примеры аллостерических
модуляторов:
• цAMФ
• ATФ
• НАДH
• Н3РО4

32. Аллостерические модуляторы

• Аллостерический
активатор – повышает
каталитическую активность фермента.
Аллостерический ингибитор – снижает
каталитическую активность фермента.
Фосфофруктокиназа
Фруктозо6-фосфат
Фруктозо1,6-бифосфат
ATФ
AДФ
Аллостерические
ингибиторы:
• ATФ
• Цитрат
Аллостерический
активатор:
AДФ

33. Ковалентная модификация

Фосфорилирование – наиболее часто встречающийся
способ регуляции активности фермента

34. Центр белок-белкового взаимодейсвия

Регуляторный центр, в котором белок-регулятор (красный,
A) взаимодействует с ферментом (зеленый, B).
Например, белок-модулятор кальмодулин может взаимодействовать с
различными ферментами, такими как киназа фосфорилазы в миоцитах
или фосфодиэстераза в клетках головного мозга.

35. Контактные площадки.


Участки, ответственные за взаимодействие фермента
с другими белками или внутриклеточными сруктурами.
Клеточная
мембрана
ATФ-синтаза

36. Механизм действия ферментов

S P
Евнутр
1) S E ES
Энергетический барьер
реакции
2) ES E P
Энергетический
профиль прямой
реакции
Энергетический профиль
катализируемой реакции
Евнутр
Направление реакции

37. Ферменты – наиболее эффективные катализаторы

Энергия активации
сахароза H 2 O
глюкоза фруктоза 32ккал / моль
H
сахароза H 2 O
глюкоза фруктоза 25ккал / моль
сахараза
сахароза H 2 O
глюкоза фруктоза 9, 4ккал / моль

38. Каталитическая активность ферментов

Скорость ферментативной реакции
Vреакци
Единица количества фермента (Е)
[S]
t
количество превращенного субстрата, мкM
X
количесво E
навеска ткани, г время инкубации, мин
Катал (СИ)
Катал – количество фермента, которое обеспечивает превращение
1 моля субстрата в 1 секунду.
9
1Е 16,67 10 катала

39. Каталитическая активность ферментов

Удельная активность фермента
nE
Удельная активность
X белка, мг
Молекулярная активность (число оборотов)
Молекулярная
активность

это
число
молекул
субстрата, превращаемых ферментом за 1 минуту в
расчете на 1 активный центр этого фермента.
Каталаза 5 10 молекул / мин
6
Карбоангидраза 36 10 молекул / мин
6

40. Модель Э. Фишера «ключ – замок»

Субстрат
Фермент
Пространственная структура субстрата точно соответствует
пространственной структуре активного центра фермента, как
ключ соответствует замку.

41. Теория индуцированного соответствия Кошланда

Пространственная структура активного центра
лишь приблизительно
комплементарна структуре субстрата, а их полная подгонка друг к другу
осуществляется в ходе образования фермент-субстратного комплекса.

42. Абсолютная специфичность

аргиназа
аргинин H 2 O
орнитин мочевина
Аргиназа
катализирует
только
одну
реакцию
расщепление аргинина на орнитин и мочевину.

43. Относительная специфичность

Пепсин гидролитически расщепляет пептидную связь,
образованную с N-концевой ароматической аминокислотой.
R1
H R2
H R3
H R4
+
H3N C C N C C N C C N C COO
H O
R1 = Фен, Три, Тир
H O
H O
H
R4 = Лиз, Арг
Трипсин гидролитически расщепляет пептидную связь,
образованную с C-концевой аминокислотой (Лиз или
Арг), только если она не следует за пролином.

44. Стереоспецифичность

Пространственная структура оксидазы аминокислот
L-ряда
D-ряда

45. Зависимость активности ферментов от температуры

Топтимальная 37 40 С
0

46. Зависимость активности ферментов от pH среды

47. Зависимость активности ферментов от pH среды

Пепсин
Глюкоза-6-фосфатаза
pH optim. = 1 – 2
pH optim. = 7 – 8
Аргиназа
pH optim. = 9 – 10

48. Зависимость скорости ферментативной реакции от концентрации субстрата

ΔS/Δt
В
V max
Активный центр
Субстрат
1/2 V max
Фермент
0
Km
Насыщающая
концентрация
субстрата
[S]

49. Уравнение Михаэлиса-Ментен

Leonor Michaelis (1875-1949)
Maud Menten (1879-1960)
Vmax [S]
V
K m [S]
Km (константа Михаэлиса) характеризует сродство фермента
к субстрату; она численно равна концентрации субстрата, при
которой скорость реакции равна половине Vmax.

50. Зависимость скорости ферментативной реакции от концентрации субстрата

ΔS/Δt
V max
Активный центр
1/2 V max
Фермент
0
Km
Насыщающая
концентрация
субстрата
[S]
Субстраты

51. Механизмы действия активаторов

Активатор может вытеснять ингибитор или отщеплять его от
фермента.
Активатор может связываться с
субстратом
и
тем
самым
обеспечивать
его
более
эффективное взаимодействие с
активным центром фермента.
Например, АТФ образует комплекс с
ионами Mg 2 (зеленый).
Активатор может способствовать присоединению кофермента
к апоферменту.
Активатор может взаимодействоввать с аллостерическим
центром фермента.

52. Ингибирование ферментов

обратимое
конкурентное
необратимое
неконкурентное
Примеры ингибиторов: ионы тяжелых металлов, многие
лекарственные
препараты,
соединения
природы, в том числе полипептидной.
различной

53. Необратимое ингибирование

Необратимый ингибитор ковалентно связывается с
функциональной группой в активном центре фермента.
Структура активного центра изменяется, и фермент
перестает работать.
Например, иодоацетат (ICH2-COOH) или иодоацетамид
(ICH2-CONH2)
являются
необратимыми
ингибиторами
тиоловых ферментов.
I
O
C C
H2
NH2
iodoacetamide
O
+
HS Protein
C C S Protein
H2N
H2

54. Конкурентное ингибирование

ES комплекс
Субстрат
E S
ES E P
Ингибитор
E I
EI
Фермент
EI комплекс
Конкурентный
ингибитор «соревнуется» с субстратом за
активный центр фермента.
Степень ингибирования зависит от соотношения между
концентрацией конкурентного ингибитора и субстрата.

55. Конкурентное ингибирование

COOH
COOH
CH2
CH
CH2
+
ФАД
COOH
сукцинатдегидрогеназа
CH
+
ФАДH2
COOH
фумарат
сукцинат
Конкурентные ингибиторы сукцинатдегидрогеназы:
малонат
COOH
оксалоацетат
COOH
CH2
C O
COOH
CH2
COOH

56. Неконкурентное ингибирование

Фермент
ES комплекс
E S ES E P
E I EI
ES I ESI
EI комплекс
ESI комплекс
Субстрат (S)
Ингибитор (I)

57. Регуляция активности ферментов в клетках

Срочное
регулирование
Длительное
регулирование
• образование ферментов из их предшественников;
• аллостерическое ингибирование или активация;
• ковалентная модификация ферментов;
• белок-белковые взаимодействия;
• обратимое конкурентное ингибирование.

58. Активация проферментов путем протеолитического гидролиза

Неактивный профермент
Активный фермент
Участок ППЦ
Химотрипсиноген
Химотрипсин

59.

Аллостерическое модулирование
работы ферментов
(+) активация предшественником
L - Треонин
Е1
a
Е2
b
Е3
c
Е4
d
Е5
L - Изолейцин
(─) ингибирование конечным продуктом

60.

Ковалентная модифицикация
работы ферментов
Гликогенсинтетаза активная
(дефосфорилированная
форма фермента)
Гликогенсинтетаза неактивная
(фосфорилированная
форма фермента)

61.

Белок-белковые взаимодействия
Белок-модулятор кальмодулин регулирует активность ряда
внутриклеточных ферментов:
• Фосфодиэстеразы
клеток головного мозга
• Киназы фосфорилазы
миоцитов
• Са-Mg-АТФазы
эритроцитов
• и др.
кальмодулин
Са-кальмодулиновый комплекс

62. Медицинская энзимология

Энзимопатология
Изменение
активности
ферментов при
тех или иных
заболеваниях.
Энзимодиагностика
Энзимотерапия
Измерение
активности
ферментов в
плазме крови,
эритроцитах
и биоптатах.
Использование
препаратов
ферментов в
лечебных
целях.
English     Русский Rules