Отчет о прохождении учебной практики, научно-исследовательской работы

1.

Отчет
о прохождении учебной практики,
научно-исследовательской работы
:
-
Студент: Филонов Сергей Вячеславович
Руководитель: Игнатьева Елена Васильевна
Консультант: Подколодный Николай Леонтьевич

2.

-
-
.

3.

:
Bajpai AK, Davuluri S, Tiwary K, Narayanan S, Oguru S, Basavaraju K, Dayalan D,
Thirumurugan K, Acharya KK. Systematic comparison of the protein-protein interaction
databases from a user's perspective. J Biomed Inform. 2020 Mar;103:103380. doi:
10.1016/j.jbi.2020.103380. Epub 2020 Jan 28. PMID: 32001390.
Zahiri J, Emamjomeh A, Bagheri S, Ivazeh A, Mahdevar G, Sepasi Tehrani H, Mirzaie M,
Fakheri BA, Mohammad-Noori M. Protein complex prediction: A survey. Genomics. 2020
Jan;112(1):174-183. doi: 10.1016/j.ygeno.2019.01.011. Epub 2019 Jan 17. PMID: 30660789.
IntAct, mentha, APID, MINT,
IID.
IntAct
Cytoscape
.
Cytoscape

4.

-

5.

6.

7.

Для визуализации и обработки данных
была выбрана программа Cytoscape.
Cytoscape -
Cytoscape

8.

-
-
-
-

9.

IntAct, mentha,
APID, MINT, IID).

10.

ClusterONE
MCODE

11.

CytoClaster
HC-PIN
λ
λ .

12.

OH-PIN
C_set
B_Cluster
B_Cluster
C_set
B_Cluster
-
C_set
C_set
IPCA
C_set
B_Cluster.
λ-

13.

Cytoscape
Cytoscape.
API,
ClusterONE, MCODE.

14.

Bajpai AK, Davuluri S, Tiwary K, Narayanan S, Oguru S, Basavaraju K, Dayalan D, Thirumurugan K,
Acharya KK. Systematic comparison of the protein-protein interaction databases from a user's
perspective. J Biomed Inform. 2020 Mar;103:103380. doi: 10.1016/j.jbi.2020.103380. Epub 2020 Jan
28. PMID: 32001390.
Zahiri J, Emamjomeh A, Bagheri S, Ivazeh A, Mahdevar G, Sepasi Tehrani H, Mirzaie M, Fakheri BA,
Mohammad-Noori M. Protein complex prediction: A survey. Genomics. 2020 Jan;112(1):174-183. doi:
10.1016/j.ygeno.2019.01.011. Epub 2019 Jan 17. PMID: 30660789.
-
IntAct, mentha, APID, MINT, IID.
IntAct
Cytoscape
Cytoscape
ClusterONE, MCODE, CytoClaster, SCODE
.