Біоінформатика. Бази даних і веб-сервіси. Lab.2

1.

Біоінформатика.
БАЗИ ДАНИХ і
ВЕБ-сервіси
Lab.2

2.

У цій лабораторній
Бази геномних даних: BioCyc та StrepDB
Колекція
баз
даних
і
веб-сервісів
Швейцарського ін-ту біоінформатики ExPaSy
від
Спеціалізована база даних TBDB (TuBerculosis Data
Base) та NCBI-GEO: рівні експресії даних

3.

BioCyc
http://biocyc.org/
АБО
http://strepdb.streptomyces.org.uk/cgibin/dc3.pl?accession=AL645882&start=4291472&end=4302043&iorm=map
&width=900

4.

Синтенія sco0794
Які сусіди у генів-ортологів sco0794 у геномах кількох різних видів
Streptomyces?
- Поняття синтенії
- Поняття гомолога, ортолога і паралога (далі про гомологи буде в
лекціях)

5.

Колекції біоінформатичних знарядь
ExPaSy: www.expasy.org

6.

Колекції біоінформатичних знарядь
ExPaSy: www.expasy.org

7.

Колекції біоінформатичних знарядь
ExPaSy: www.expasy.org

8.

Колекції біоінформатичних знарядь
ExPaSy: www.expasy.org

9.

Колекції біоінформатичних знарядь
ExPaSy: www.expasy.org

10.

Транскриптомні дані
TbDb Дані експресії (expression data) Rv1930c
NCBI GEO Datasets Streptomyces coelicolor sco0794
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE69350

11.

Бази даних, веб-сервіси, сервери….
У ході спецкурсу ми познайомимося з великою
кількістю інших спеціалізованих баз даних і
біоінформатичних знарядь
http://nar.oxfordjournals.org – веб-сторінка журналу
Nucleic Acids Research, в кінці кожного року друкує
спеціальний випуск, присвячений новим базам
даним і знаряддям у галузі біоінформатичного
аналізу НАП
Ще два веб-сайти, де зібрано інформація про різні
біоінфоматичні веб-сервіси:
- MobylePasteur
- Molbiol.ca

12.

Контрольна
1. Знайти найновіший огляд літератури, що
присвячений старінню (у біологічному сенсі)
2. Знайти нуклеотидну та амінокислотну послідовність
імовірної глікозилтрансферази WemI
3. Обчисліть молекулярну масу та ізоелектричну точку
білка WemI. Чи містить він імовірні сайти
фосфорилюваня?
4. Який змінюється експресія гена Rv1152 M.
tuberculosis Rv3 за умов обробки тіорідазином?

13.

Бази даних, веб-сервіси, сервери….
http://molbiol-tools.ca/DNA_composition.htm
http://www.genomatix.de/cgi-bin/tools/tools.pl
http://esper.lab.nig.ac.jp/genome/?page=genome_composi
tion_database
http://www.kazusa.or.jp/codon/
Дві цікаві програми аналізу генетичних послідовностей у
пакеті EMBOSS: chaos та wordcount
http://emboss.bioinformatics.nl/