Кладистика. Метод максимальной парсимонии. Метод присоединения соседей

1. Кладистика

Алкин Н.А.
• апоморфия
• плезиоморфия
• синапоморфия
• симплезиоморфия
• гомоплазия
• внешняя группа
• базальная группа
• монофилия
• парафилия
• полифилия

2. Метод максимальной парсимонии

1. Подсчёт числа эволюционных
событий для каждого дерева
2. Выбор дерева с наименьшим
числом таких событий

3. UPGMA

Шаг 1. Составляем таблицу
эволюционных расстояний:
• принимаем каждое
различие в признаках за 1

4. UPGMA

5. UPGMA

6. UPGMA

7. UPGMA

8. UPGMA

9. UPGMA

10. UPGMA

11. UPGMA

12. UPGMA

13. Метод присоединения соседей

1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)
…
A
A
B
C
D
E
B
C
D
E
5
9
9
8
10
10
9
8
7
3

14. Метод присоединения соседей

1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)
…
A
A
B
C
D
E
B
C
D
E
-50
-38
-34
-34
-38
-34
-34
-40
-40
-48

15. Метод присоединения соседей

1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)
…
A
A
B
C
D
E
B
C
D
E
-50
-38
-34
-34
-38
-34
-34
-40
-40
-48

16. Метод присоединения соседей

1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)
…
A
A
B
C
D
E
B
C
D
E
-50
-38
-34
-34
-38
-34
-34
-40
-40
-48

17. Метод присоединения соседей

1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)
…
A
A
B
C
D
E
B
C
D
E
5
9
9
8
10
10
9
8
7
3

18. Метод присоединения соседей

1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)
…
A
A
B
C
D
E
B
C
D
E
5
9
9
8
10
10
9
8
7
3

19. Метод присоединения соседей

U
1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)
…
U
C
D
E
C
D
E
7
7
6
8
7
3

20. Метод присоединения соседей

U
1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)
…
U
C
D
E
C
D
E
-28
-24
-24
-24
-24
-28

21. Метод присоединения соседей

U
1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)
…
U
C
D
E
C
D
E
-28
-24
-24
-24
-24
-28

22. Метод присоединения соседей

V
V
1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
D
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
E
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)
…
D
E
V
4
3
V
-10 -10
3
D
-10
E
D
E